分析純和優等純溶劑在許多情況下都能滿足高效液相色譜儀的要求，但不同的色譜柱和檢測方法對溶劑的要求不同。目前，用于高效液相色譜儀分析的純色譜溶劑，除甲醇外，大多為分析純，有時需要通過去除紫外雜質、脫水、蒸餾等方法進行提純。
1.乙腈是常用的溶劑。對純乙腈的分析中含有少量的丙酮、丙烯腈、丙烯酸酯、惡唑化合物，會產生較大的背景吸收，可通過活性炭或酸性氧化鋁吸附純化。高錳酸鉀、氫氧化鈉也可以通過氧化裂化和甲醇共沸來純化。
2.可以通過蒸餾除去四氫呋喃中的抗氧化劑BHT（3,5-二叔丁基-4-羥基甲苯）。四氫呋喃會長時間被氧化，最好在使用前檢查過氧化氫。方法是將10 mL四氫呋喃和1 mL新制備的10％碘化鉀溶液混合1 min，然后不使用黃色。
3.水不溶性溶劑(如氯仿)中微量極性雜質(如乙醇)和鹵代烴(如CH2Cl2)中的HCl雜質可通過水萃取和無水硫酸鈣干燥去除。
4.正高效液相色譜儀色譜法中使用的油性有機溶劑通常含有50-2000 ug/ml的水。水是最極性的溶劑，特別是用于吸收高效液相色譜儀，色譜法。即使是非常少量的水也會因其強烈的吸收而在固定相中占據許多吸附活性點，導致固定相性能下降。通常可以用分子篩床來干燥。清除痕跡水。
5.鹵化溶劑(如氯仿)與乙醚溶劑(如四氫呋喃)發生反應。將一些鹵化溶液（例如二氯甲烷）與一些更具反應性的溶劑（例如乙腈）混合以沉淀晶體。因此，應盡量避免使用鹵化溶劑或現成的類型。