1.方法不同
內標法是在分析樣品的混合物中加入一定重量的純物質作為內標，然后對含有內標的樣品進行色譜分析，分別確定內標和待測組分的峰面積和相對校正因子。外標法是在空白溶劑中加入一定量的梯度標準物質制成對照品，并與未知樣品平行處理檢測。
2.要求不同
內標法對于內標的選擇要有一定的原則，適合于小樣本量的分析，而且樣品中的所有組分都不要求達到峰值，只要內標和有關組分達到峰值并且分離良好..外標要求儀器具有可重復性，適用于大量分析樣品，因為儀器會隨著使用而變化，所以應定期進行曲線校正。
3.難易成度不同
內標法必須準確稱量樣品和內標，否則會影響實驗結果，操作困難..外標法不需要測量校正因子。操作簡單，計算方便。