按照分離原理分類，大概可以分為：
1.吸附色譜：基于各組分對固定相的吸附能力不同而實現分離的方法。比較常見的色譜柱是火星硅膠、氧化鋁、活性炭、聚乙烯、聚酰胺等。用于測定結構異構體。
2.分配色譜：基于樣品在流動相和固定相之間溶解度不同的原理實現分離。比較常見的正相氰基柱（正相）和極為普遍的C18色譜柱（反相）。用來測定的東西很多，化工、制藥、化妝品行業都經常使用。
3.凝膠色譜：基于根據分子的體積大小和形狀不同而達到分離目的。固定相是軟質凝膠、半硬質凝膠和硬質凝膠三種。常用于生物方面進行大分子物質的測定。
4.離子交換色譜：基于被測離子在交換劑上具有不同的親和力而被分離。固定相如多孔性樹脂和薄殼型樹脂。常用于無機離子和生物物質的檢測(如氨基酸、核酸、蛋白質等)