1、柱溫波動。（即使是很小的溫度變化都會引起基線的波動。通常影響示差檢測器、電導檢測器、較低靈敏度的紫外檢測器或其它光電類檢測器。） 1、控制好柱子和流動相的溫度，在檢測器之前使用熱交換器圖
2、流動相不均勻。（流動相條件變化引起的基線漂移大于溫度導致的漂移。） 2、使用HPLC級的溶劑，高純度的鹽和添加劑。流動相在使用前進行脫氣，使用中使用氦氣。
3、流通池被污染或有氣體 3、用甲醇或其他強極性溶劑沖洗流通池。如有需要，可以用1N的硝酸。（不要用鹽酸）
4、檢測器出口阻塞。（高壓造成流通池窗口破裂，產生噪音基線） 4、取出阻塞物或更換管子。參考檢測器手冊更換流通池窗。
5、流動相配比不當或流速變化 5、更改配比或流速。為避免這個問題可定期檢查流動相組成及流速。
6、柱平衡慢，特別是流動相發生變化時 6、用中等強度的溶劑進行沖洗，更改流動相時，在分析前用10-20倍體積的新流動相對柱子進行沖洗。
7、流動相污染、變質或由低品質溶劑配成 7、檢查流動相的組成。使用高品質的化學試劑及HPLC級的溶劑
8、樣品中有強保留的物質（高K’值）以饅頭峰樣被洗脫出，從而表現出一個逐步升高的基線。 8、使用保護柱，如有必要，在進樣之間或在分析過程中，定期用強溶劑沖洗柱子。
9、使用循環溶劑，但檢測器未調整。 9、重新設定基線。當檢測器動力學范圍發生變化時，使用新的流動相。
10、檢測器沒有設定在最大吸收波長處。 10、將波長調整至最大吸收波長處