高效液相色譜是分析、制備領域應用最為廣泛也最為成熟的技術之一，它具有分離效率高、分辨率好及速度快等特點。張虹等采用醋酸與TTX結合形成離子對在ODS柱上采用紫外檢測器直接測定TTX含量，該方法操作簡單、快速、準確，最低檢測限50ng。還利用蒸發光散射檢測器進行TTX測定，該法可用于微克水平河鲀毒素含量的測定。劉海新等采用柱后衍生高效液相色譜法檢測水產品中的河鲀毒素含量，樣品先由0.1%乙酸提取，再經過C18固相萃取柱凈化。以庚烷磺酸鈉為離子對試劑，應用反相離子對液相色譜分離河鲀毒素，采用在線柱后衍生系統，熒光檢測器定量檢測。河鲀毒素在5-1600ng的范圍內呈良好的線性相關，相關系數r=0.9997；1、2、8μg/g，3個濃度水平添加樣，日內和日間的回收率為80.9-91.2%，相對標準偏差為1.93% -5.57%；方法定量限為1μg/g。高效液相色譜熒光檢測器要比紫外檢測器具有更低的檢測限，而TTX沒有熒光吸收，所以必須先要衍生化成具有熒光吸收的物質，操作比較繁瑣。
隨著質譜技術的發展，質譜所具有的超強定性能力使色譜質譜聯用成為分析行業最有效最準確的分析方法之一。1993年SaitoT利用氣-質聯用從刀魚中檢測到TTX及其同分異構體的存在。Nagashima等利用氣-質聯用從暗紋東方鲀肝臟含有的高分子物質中檢測到河鲀毒素的存在。吳平谷等用2%乙酸/甲醇提取出河鲀毒素，用正己烷脫脂，然后用堿將河鲀毒素水解成2-氨基-8-羥基-6-羥甲基-喹唑啉（C9堿），水解液經過C18、SLH固相萃取柱凈化，BSTFA衍生，采用氣相色譜—質譜法全掃描方式測定。液相色譜質譜法比氣相色譜質譜法具有更廣的應用范圍，不需要衍生化，大大簡化了分析手段。采用了液相/質譜聯用法來測定河鲀中的TTX。 李愛峰等應用C18反相色譜柱和HILIC親水作用色譜柱，建立了河鲀毒素（TTX）的液相色譜—電噴霧離子阱質譜聯用分析方法。鄭雍怡等建立了在大鼠腹腔注射給藥后，測定其血漿中河鲀毒素的高效液相色譜—質譜聯用（LC/MS）定量檢測方法。 建立了LC-MS-MS測定血漿中河鲀毒素的檢測方法，其檢測限濃度為1ng/mL。