高效毛細管電泳是一類以毛細管為分離通道、以高壓直流電場為驅動力的新型液相分離技術。高效毛細管電泳實際上包含電泳、色譜及其交叉內容，它使分析化學得以從微升水平進入納升水平，并使單細胞分析，乃至單分子分析成為可能。
高效液相色譜法是色譜法的一個重要分支，以液體為流動相，采用高壓輸液系統，將具有不同極性的單一溶劑或不同比例的混合溶劑、緩沖液等流動相泵入裝有固定相的色譜柱，在柱內各成分被分離后，進入檢測器進行檢測，從而實現對試樣的分析。
相同點：
1、檢測器：
HPCE和HPLC均可采用紫外檢測器、熒光檢測器和電化學檢測器等。但由于HPCE采用在柱檢測，光路短，靈敏度和線性范圍都不如HPLC。
2、定性和定量方法：
HPCE的定性和定量方法與HPLC相同，采用出峰時間定性，峰面積或峰高定量。
3、柱效和分辨率：
HPCE的柱效和分辨率計算方法與HPLC相同。