質譜儀通過測量特定離子的質核比來對待測物進行準確定性，通常與高效液相色譜或氣相色譜儀等聯用來達到精確定量的目的。由于蛋白質分子質量太大，在對蛋白質的分析中，通常將其利用各種手段如胰蛋白酶水解為肽段的混合物，再通過對其中的特異性肽段的測定來檢測該蛋白。有報道稱研究人員將蛋白質組學技術、同位素標記技術與高效液相色譜-質譜法相結合來檢測乳制品中的乳鐵蛋白。液相質譜法結果靈敏可靠、重復性高、回收率高，但是需要將蛋白質大分子打碎成氨基酸小分子，通過特定的氨基酸片段來進行定性和定量，此時蛋白質已經變形，不利于待測樣品中對于乳鐵蛋白是否有活性的判斷，且設備昂貴，對操作人員的專業性要求更高。