高效離子交換色譜儀的流動相大都是有一定PH值和鹽濃度（離子強度）的緩沖溶液，通過改變流動相中鹽離子的種類、濃度和PH值可改變樣品的保留值。
一、鹽離子的種類：
1、陰離子的滯留次序：
檸檬酸離子＞SO42ˉ＞C2O42ˉ＞Iˉ＞NO3ˉ＞CrO42ˉ＞Brˉ＞SCNˉ＞Clˉ＞HCOOˉ＞CH3COOˉ＞OHˉ＞Fˉ。
2、陽離子的滯留次序：
Ba2+＞Pb2+＞Ca2+＞Ni2+＞Cd2+＞Cu2+＞Co2+＞Zn2+＞Mg+＞Ag+＞Cs+＞Rb+＞K+＞NH4+＞Na+＞H+＞Li+。
差別不如陰離子明顯。
二、鹽離子的濃度：
如果增加鹽離子的濃度，可降低樣品離子的競爭吸附能力，從而降低其在固定相上的保留值。
三、PH值：
分離有機酸和有機堿時，這些酸堿的離解程度可通過改變流動相的PH值來控制。增大PH值會使酸的電離度增加，使堿的電離度減少。降低PH值，其結果相反。無論哪種情況，只要電離度增大，樣品的保留值就會增大。