由于質子磁力儀具有精度高、便攜等眾多的優點，它已經被廣泛地應用在以下領域：
? 礦產勘察，根據礦石中有用礦物質具有磁性或有磁性礦物與之共生的特點，進行直接找礦，或根據礦體在成因或空間上與某些磁性地質體構造有關的特點，進行間接找礦。這些礦包括鐵礦、鉛鋅礦、銅礦等
? 配合礦區勘探，研究礦體的埋深、產狀和連續性，研究礦體的形狀、大小，估計礦床規模
? 石油、天然氣勘察，研究與油氣有關的地質構造及大地構造等問題
? 地震前兆監測，火山觀測以及其它環境及災害地質工作
? 配合基礎地質調查，進行地質填圖
? 對鐵桶、鐵罐等鐵制品埋藏物定位
? 探測與磁性相關的地質構造
? 鐵制軍火偵測
? 斷層定位
? 工程勘察
? 管線探測
? 環境勘探
? 考古
? 水文