從化學結構上含高能磷酸鍵的化合物分為：
1、磷酸酐，如焦磷酸，核苷酸；
2、羧酸和磷酸合成的混合酸酐，如乙酰磷酸，1，3-二磷酸甘油酸，氨基酰-AMP；
3、烯醇磷酸，如磷酸烯醇式丙酮酸；
4、磷氨酸衍生物（R-NH-PO3H2），如磷酸肌酸。
