高通量篩選的實驗方法分子水平和細胞水平的實驗方法（或稱篩選模型）是實現藥物高通量篩選的技術基礎。由于藥物高通量篩選要求同時處理大量樣品，實驗體系必須微量化，而這些微量化的實驗方法應根據新的科研成果來建立。第四軍醫大學周四元研究認為，藥物高通量篩選模型的實驗方法，根據其生物學特點，可分為以下幾類：受體結合分析法；酶活性測定法；細胞分子測定法；細胞活性測定法；代謝物質測定法；基因產物測定法。這些實驗方法，均已廣泛用于藥物高通量篩選中。
