我國進行藥物高通量篩選的優勢首先是化合物來源廣泛，且多為天然；其次是對化合物生物活性的篩選目的較明確，無目的合成的化合物較少；第三，我國傳統藥物為篩選研究提供了一個巨大的資源庫，可從中藥中提取分離篩選新的化合物。這些優勢為藥物的高通量篩選打下了堅實基礎。
我國藥物高通量篩選初現規模：藥物高通量篩選工作在我國起步較晚，且不規范。近幾年，我國進行了外引內聯的整體化、規模化基礎建設，已初見成效。1996年中國醫學科學院引進國內第一臺Biomek2000型實驗自動化工作站；1998年又引進全國第一臺Topcount微量閃爍計數器，使放射配基實驗、放射免疫實驗等技術微量化、自動化。上海藥物研究所、北京軍事醫學科學院分別成立了藥物篩選專門機構，開始從事大規模篩選工作。西安交通大學藥學院賀浪沖教授首創的細胞膜色譜（CMC）為化合物的體外高通量篩選提供了高選擇性、高特異性、高效率的篩選手段。CMC已成功用于鈣離子拮抗劑受體配體結合反應的研究，目前正在進行心血管化學合成藥物的高通量篩選和中藥有效部位及有效成分的尋找。將利用分子生物學方法建立CMC自動化篩選體系，促進我國藥物高通量篩選技術的全面發展。
高通量篩選技術，是目前藥物篩選領域研究的重要課題，近年來，對它的研究應用雖然已取得了長足的發展，但仍然存在許多難題，如體外模型的篩選結果與整體藥理作用的關系；對高通量篩選模型的評價標準以及新的藥物作用靶點的研究和發現等。隨著醫藥學的進步，高通量篩選技術在創新藥物的研發中，一定會開拓出更廣闊的空間。