1．天然產物
HSCCC可采用不同物化特性的溶劑體系和多樣性的操作條件，具有較強的適應性，為從復雜的天然產物粗制品中提取不同特性(如不同極性)的有效成分提供了有利條件。因此在80年代后期，在世界范圍內的"回歸大自然"浪潮的席卷之下，HSCCC被大量用于天然產物化學成分的分析和制備分離，目前報道也最多。
例如：用正己烷/乙酸乙酯/甲醇/水(3：7：5：5)分離粉防己干根粗提物 ；正己烷/乙酸乙酯/乙醇/水(6：3：2：5)或正己烷/乙酸乙酯/甲醇/水(1：1：I：I)體系分離紅豆杉粗提物 ；分離紫杉醇混合物采用石油醚(40-60℃)/乙酸乙酯/甲醇/水(50：70：80：65)體系比較合適；采用正己烷/乙酸乙酯/甲醇/水(3：7：5：5)有效分離肉桂酸、阿魏酸、咖啡酸混合物 ；采用正己烷/乙酸乙酯/甲醇/乙醇/水(5：7：5：1：1．5)五元體系分離紫杉醇和caphalornannine；氯仿/0.07 mol/L磷酸鈉 0.04 mol/L檸檬酸緩沖液體系(pH：
5.08，1：1)分離制備馬錢子堿和番術鱉堿 ；用氯仿/甲醇/丙酮 /水(5：6：1：4)分離挪威云杉針葉粗提物 ；用正庚烷/乙酸乙酯/甲醇/水(3：l0：IO：7)分離雜交番茄枝種子的粗提物 等等，一般均采用下相作流動相。
其它，尚有用正己烷/乙酸乙酯/甲醇/水兩步分離紫杉醇的同系物例(eaphalonmmaine，7-epi-10-deaeetyltaxo1)等 ，第一步采用(1：1：1：1)，第二步采用(3：3：2：3或4：4：3：4)并實現制備分離，并發現甲醇含量對分離效果影響較大；還有用多維高速逆流色譜(Multidimensional HSCCC)連續分離制備異鼠李亭、4，5，7-三羥基黃酮醇 槲皮苷，采用氯仿，甲醇/水(4：3：2)體系 J。總之，HSCCC分離制備天然產物是很適合的，不但適用于極性化合物，同樣適用于非極性化合物；既可用于天然產物粗提物的去雜，也可用于最后產物的精制，甚至可一步得到純品，當分析型的HSCCC的儀器轉速達到2000r/rain以上，溶劑體系合適的情況下，分離速度可與HPLC相媲美。
中藥來自于天然植物或動物，HSCCC同樣可以應用于中藥的單味藥有效成分或方劑的有效部分的分離。例如采用正己烷/乙酸乙酯/甲醇/水(1：1：1：1)和氯仿/甲醇/水(4：3：2)體系分離何首烏的氯仿提取物得到大黃素和蜈蚣苔素(physcioue)．分離其酒精提取物，得到1，2-二苯乙烯配糖物等。用乙酸乙酯/甲醇/水(50：1：50)分離何首烏干根的甲醇提取物，采用下相作流動相 ；用氯仿/甲醇/0.1 mol/L鹽酸(4：1．5：2)分離制備黃連的生物堿，下相作流動相 ；用R134a/甲醇/水體系分離當歸提取物，RliM-a作流動相，甲醇/水(65：30或70：30)作固定相；用氯仿/甲醇/水(4：3：2)分離銀杏葉提取物得到4，5，7-三羥基黃酮醇，異鼠李亭，槲皮苷純物質 。總之．HSCCC在中藥方劑分離制備中尚屬空白，因此開展HSCCC在這方面的工作有重要的意義。
2．抗生素
由于可以直接向HSCCC中進粗品，抗生素的分析和制備分離也采用HSCCC。進樣量為1 mg一5 g。
一般可用疏水性體系分離抗生素。對于未知樣品，強極性組分用含有正丁醇的體系，中等疏水性體系用含有氯仿的體系，疏水性用含有正己烷的體系 。例如：用氯仿/氯化乙烯/正己烷/甲醇/水(1：1：1：3 5：1)體系分離道諾紅菌素衍生物 ．上相作流動相；用苯/氯仿，甲醇/水(15：15：23：7)分離依羅霉素( 娜in)混合物 ，進樣量100mg，上相作流動相；用乙醚征己烷，甲醇/水(5：1：4：5)分離放線菌素(acting,vein)~合物 ，進樣量達83 mg，上相作流動相；用氯仿/甲醇/水(4：4：3)體系分離殺念菌素(candicidin)衍生物 ．進樣量100 mg，上相作流動相；四氯化碳/甲醇/0．01 mol/L磷酸鉀緩沖液(pH=7)(2：3：2)分離尼達霉素(niddamycins)混合物 ．進樣量100mg；用正己烷/L酸乙酯，甲醇/水(19：1：lO：lO)分離伊維菌素(ivermectin) ，進樣量25 mg，下相作流動相；用氯仿/乙酸乙酯/甲醇/水(3：1：3：2)分離普那霉素(pristinamycins) 等等。
3．蛋白質和肽
用HSCCC分離制備蛋白或多肽的混合物最近的進展主要取決于以下3種因紊 ：采用低粘度的溶劑體系，溶劑體系大部分包含正丁醇；新型的pH區帶提取逆流色譜的出現和發展；HSCCC與離子對逆流色譜的綜合應用。后兩種逆流色譜技術將在下面詳述。例如：采用氯仿/苯/甲醇/水(15：15：23：7)分離短桿菌肽 ，進樣量可達100 mg，上相作流動相；用氯仿/乙醇/水(5：4：3)或氯仿/乙醇/甲醇/水(5：3：3：4)分離桿菌肽(Baeitrlacin) ，進樣量可達50mg；用正丁醇/O．03 mol/L三氟乙酸(1：1)分離黏菌素 ；采用正丁醇/二氯乙酸/0．1 mol/L甲酸銨(1：O．O1：0．01)、叔丁基甲基醚/乙腈/三氟乙酸(O．5% 一5%)(2：2：3)、叔丁基甲基醚/乙腈，三氟乙酸(1%)(2：2：3)或叔丁基甲基醚/正丁醇/乙腈/Z氟乙酸(1%)(2：2：1：5)等體系均可分離二肽混合物 ，進樣量可達3∞ mg，下相作流動相；用正丁醇/0．2 mol/L甲酸銨(pH：8．5)(1：1，5o℃)或正丁醇/0．2mol/L甲酸銨(pH=9)(1：1)體系分離縮膽囊素。
4．食品
HSCCC應用于食品分離的最大優勢是粗品或復雜樣品可直接進樣，一般用于食品除毒去雜或制備生物活性物質。例如用HSCCC檢測食品中的毒素含量，分離SEA(導致食品污染的常見毒素)；用正已烷/乙腈/叔丁基甲基醚(10∶10∶1)從香芹菜中分離falcarind和falcarindiel ；糖和PNP衍生物用HSCCC正交螺旋管行星式離心分離，溶劑體系是正丁醇/乙酸/水(4∶1∶5)或正丁醇/甲醇/水(4∶1∶4).分離體系通過衍生可以增加分子的疏水性，從而用HSCCC實現分離。
5．無機物
HSCCC在分離無機物方面的應用主要集中于稀土元素或重金屬元素。例如用混溶的0.5mol/LDEPHA (二乙基已基磷酸鹽)和十二烷作固定相，鹽酸作流動相，富集稀有元素；用鹽酸和氯仿(溶有0.15mol/L DEPHA)(1:1)溶劑體系分離鑭系元素Sm、Gd、Tb、Dy、Er、Yb，效果良好；用EHPA(乙基已基磷酸鹽)和單-2-乙基已基醚的甲苯溶液體系作固定相，含有鑭系元家如鈥和鉺的溶液(相當于流動相)從上洗脫，在固定相中金屬元素富集，并發現了稀有元素的復合物的保留值與流動相的pH有較大關系， pH升高，保留體積提高，但是理論塔板數下降，另外，在流動相中加入銨鹽并不影響固定相保留值。根據上述方法，HSCCC可用于環境分析檢測或控制污染。雖然靈敏度較低，但是固定相能夠富集干擾的金屬離子。
6．其它
隨著技術的發展，HSCCC應用范圍逐步拓展。已經有人嘗試用HSCCC拆分消旋化合物。例如N-十二烷酰-L-脯氨酸-3，5-二甲基苯胺，成功地用于氨基酸的衍生物的分離。有人用HSCCC分離紫膠染料，溶劑體系是叔丁基甲基醚/正丁醇/乙醇/水(2∶2∶1∶5)，得到的物質純度在95%左右。Ma和Ito發現增加有機固定相中手性選擇性試劑的含量及增大溶劑系統的疏水性可提高色譜峰的分辨率。