PCR條件的優化是一個麻煩耗時的過程，涉及到溫度、時間、鎂離子、引物、dNTP、Taq酶、模板等多個因素的調整。一般來說利用熱啟動，比如Platinum Taq DNA聚合酶（Invitrogen）可以達到更高的特異性，降低對鎂離子濃度的依賴，并且有利于提高“問題模板”的產量。然而，傳統的PCR條件優化策略經常對含有穩定二級結構的DNA序列無效，因為這些序列難以變性，并且在退火過程中影響引物與模板的結合，還可能影響到DNA聚合酶的延伸。
作為一種新的PCR添加成分，PCRx Enhancer Solution（Invitrogen）有助于擴增GC豐富序列，解決由于模板問題而造成的PCR擴增困難。該系統可以提高引物結合的特異性和Taq酶的熱穩定性，并且便于鎂離子濃度和退火溫度的優化選擇。譯者曾經擴增一段GC比70%的序列，可能還有二級結構，用了多個廠家的DNA聚合酶均擴不出條帶，改用Platinum Taq DNA聚合酶后，當PCRx Enhancer Solution添加到濃度為3×時得到了很漂亮的結果。