鸚鵡熱衣原體為革蘭氏陰性,光學顯微鏡下可見,比細菌小比病毒大,直徑0.3μm、0.4μm。細胞壁的結構和成分與其他革蘭氏陰性菌相似,但沒有或有微量胞壁酸,細胞壁上有屬特異脂多糖抗原。細胞質中有DNA和RNA,并有不完全的酶系統,在宿主細胞質的空泡內增生,具有特異性包涵體。