抗菌作用
揮發油，特別是 麝香草腦有防腐、消毒作用，可用于口腔、咽喉之滅菌。麝香草腦作用性質與酚類似，而作用更強( 酚系數為25)，但遇有機物則效力大減，水中溶解度亦遠較酚為差(1/100)。對 金黃色葡萄球菌、大腸桿菌均有抑制作用：開花季節莖、葉的乙醇或生理鹽水的提取物效力較好。揮發油的蒸汽亦有良好功效。用紙層析可分別獲得對革蘭氏陽性及革蘭氏陰性有效的物質( 非鞣質或酚性化合物)，在1：300000～500000濃度時即能 抑菌。它還有抗真菌作用，1%麝香草腦的醇溶液或2%粉撒布可用于 皮膚癬菌病。對 放線菌病可以局部應用及口服，但 青霉素的療效較其優越。
驅蟲作用
麝香草腦對 鉤蟲、 鞭蟲有麻痹作用，但因其毒性較大，已為其他更好的驅蟲劑所取代。尚可用于治療球蟲病。
對呼吸道的作用
葉有祛痰作用。其提取物能增進支氣管粘膜的分泌， 麝香草腦、 香荊芥酚能促進纖毛(蛙氣管)運動，并以原形自肺排出，故有殺菌作用，有人認為可用于治療氣管炎、百日咳。
其他作用
提取物能顯著抑制乙酰膽膩引起的豚鼠小腸收縮，而對抗5-羥色胺的作用卻較弱，對 緩動素之對抗則更差，對 組織胺的作用僅有輕微影響。對離體 大鼠子宮有興奮作用，阿托品不能阻止此興奮。對豚鼠肺灌流時，提取物有輕度松弛支氣管的作用，對大鼠血壓則無影響。有人稱其有驅風作用，內服可治腹瀉及鼓腸(減輕腸管發酵)，或云可用于通經，并有鎮靜作用，在體外，它能抑制膽堿酣酶。對家兔靜脈注射，可降低血磷，升高血糖。
體內過程與毒性
麝香草腦在腸胃道可迅速而完全的被吸收；油、酒可促其吸收。半數在體內破壞，其余部分與硫酸根或葡萄糖醛酸相結合而由尿排出。涂于皮膚無刺激性，亦不吸收，但能刺激粘膜，故可引起嘔吐，其毒性僅及酚的1/4。口服1克不致引起中毒癥狀，量大則可致眩暈、上腹劇痛、興奮、惡心及嘔吐、虛弱、流涎流汗、發紺、體溫降低、脈細速、呼吸慢乃至昏迷。
香荊芥酚與麝香草腦為異構體，作用亦相似，抗菌效力較強，刺激性亦較強；易吸收，可引起嘔吐、腹瀉，口服致死量在0.1～1克/公斤之間，由于肝臟變性，可于數日或數周內死亡。