早期有胃部不適、腹脹、厭食、嘔吐、腸鳴音亢進、一過性發熱及黃疸等。嚴重者2～3周內出現肝脾腫大、肝區疼痛、皮膚黏膜黃染、腹腔積液、下肢水腫、黃疸、血尿等。也可出現心臟擴大、肺水腫、胃腸道出血、昏迷甚至死亡。
食品中所污染的主要是黃曲霉毒素B1，其毒性目前認為有三種臨床特征：急性中毒、慢性中毒和致癌性。
1.急性中毒
主要為肝損害所致，出現消化道癥狀，嚴重者出現水腫、昏迷以致死亡。
2.慢性中毒
長期攝入小劑量的黃曲霉毒素則造成慢性中毒。主要變化為肝臟出現慢性損傷，如肝實質細胞變性、肝硬化等。
3.致癌性
黃曲霉毒素是目前所知的致癌性最強的化學物質。