黃曲霉毒素B1的毒性要比嘔吐毒素的毒性強30倍，比玉米赤霉烯酮的毒性強20倍。黃曲霉毒素B1的急性毒性是氰化鉀的10倍，砒霜的68倍，慢性毒性可誘發癌變，致癌能力為二甲基亞硝胺的75倍，比二甲基偶氨苯高900倍，人的原發性肝癌也很可能與黃曲霉毒素有關。
人類
（1）大量攝入時，可發生急性中毒，出現急性肝炎、出血性壞死、肝細胞脂肪變性和膽管增生。
（2）微量持續攝入，可造成慢性中毒，生長障礙，引起纖維性病變，致使纖維組織增生。
（3）具有致癌性，可導致人類肝癌和食道癌（黃曲霉毒素）。
動物
家禽：
（1）采食量，體增重和飼料轉化率降低；
（2）不孕，流產；
（3）肺水腫，
（4）疫病易感性增加。
豬：
（1）采食量，體增重和飼料轉化率降低；
（2）不孕流產，
（3）肺水腫，
（4）疫病易感性增加。
奶牛：
（1）采食量，產奶量，體增重和飼料轉化率降低；
（2）繁殖性能紊亂，胚胎死亡和流產；
（3）神經系統紊亂，痙攣和缺乏協調性；
（4）疫病易感性增加。