如果細菌培養結果不能確診，黃質菌肺炎診斷就十分困難。臨床上，黃桿菌須與各種革蘭陰性桿菌性肺炎鑒別。
銅綠假單胞菌肺炎痰呈草綠色或黃綠色，痰一般不如黃桿菌黏稠且量很大，在細菌培養時銅綠假單胞菌可產生特殊的氣味，菌落呈藍綠、黃綠色。
芳香產堿桿菌所致肺炎有時與芳香黃質菌肺炎相似，應注意區別。前者痰為灰色膿樣，臨床病情不如黃桿菌類兇險。
在有慢性纖維空洞型肺結核的患者，合并黃桿菌感染時容易誤認為結核復發，應注意反復進行痰細菌培養，早日確定感染菌種。
黃質菌肺炎胸腔積液較常見，漿液性或血性胸水也應常規進行細菌培養，陽性檢出率很高。黃質菌肺炎易合并敗血癥和腦膜炎。常規的血培養和腦脊液細菌培養均有助于與其他細菌感染區別。