鼠疫耶爾森菌（Y. pestis），俗稱鼠疫桿菌，是鼠疫的病原菌。鼠疫是一種人獸共患的自然疫源性烈性傳染病，人類鼠疫多為疫鼠的跳蚤叮咬而感染，是我國法定的甲類傳染病。
直至十九世紀末，鼠疫耶爾森菌才被分離和命名。此菌引起的是嚙齒動物中的自然疫源性疾病，傳染性強，病死率高，易釀成大流行，從公元6～19 世紀發生過3 次大流行。此菌主要累及皮膚和淋巴結，其次為敗血癥、肺炎、腦膜炎。
我國僅在青海等個別地區有少數散在病例。第二次世界大戰期間，日本侵略軍曾利用鼠疫耶爾森菌制造細菌武器，我國東北地區發生過流行。世界各地仍有散發病例。印度、越南、緬甸等少數國家每年有數百散發病例發生。1994年印度發生了鼠疫的爆發流行，死亡率高達10%～30%。在美國，統計數據表明，每年約有20 例耶爾森菌感染，其中20%累及肺部。未治療病人病情兇險，病程早期進行治療可大大降低病死率。