鼻內鏡檢查有一定的副作用。
首先，鼻內鏡檢查的過程中，如果醫生的操作不熟練或者是患者對于鼻內鏡檢查的配合度不高，就有可能會因為內鏡設備觸碰或者是摩擦到鼻黏膜或者是其他的組織，而引發出血或者破損的情況。一旦出現上述情況，在鼻內鏡檢查之后，受損的鼻黏膜就需要一段的時間才可以恢復正常。
其次，如果患者的鼻黏膜因為檢查出現了破裂，還有可能會引發患者的檢查過程中的疼痛感。部分對于檢查疼痛感不能耐受的患者，還有可能會產生相對應的就醫心理陰影。
