今年年初,以劍橋大學為依托的Base4公司宣布他們成功利用微滴中包裹的核苷酸熒光級聯反應技術清楚的分辨出每個堿基的類型。
每一個核苷酸包裹在一個微滴中,每個微滴按照順序放在每個小的微孔中,大大的增加微孔的數量,即可進行大規模測序。去年該公司和日立公司進行合作,通過固態的納米系統直接讀取堿基產生的信號,而不是讀取堿基通過納米孔是發射的電子信號。
微滴方法使用一個焦磷酸水解酶可以使DNA單鏈上的核苷酸水解下來并包裹在微滴中。微滴將通過一個微米級的管道,通過管道時級聯反應促使每一個堿基產生自己特有的信號。
Base4的創始人兼CEO Frayling 說:“在實驗室里,團隊對每一步都做了很多處理,現在我們正在致力于把每一步結合起來做成一個獨立的測序系統。每個微滴都要單獨的孵育,所以找到合適的芯片來確定微滴的順序是關鍵。我們已經把所有的步驟放在同一張芯片上了,并且已經開始測試,估計2到6個月內第一批測序結果就會產生。”
除了單分子測序技術,Base4 也致力于微滴測序技術其他方面的技術,他們正在嘗試著通過減弱級聯反應的化學反應來增強DNA的熒光信號。通過實驗他們發現用價格便宜LEDs光源來激發熒光看起來是可行的,而且他們相信用普通的光學成像攝像機也可以記錄分辨堿基的類型。
劍橋的研發團隊說雖然目前還沒有找到合作公司,但是他們希望能夠和一些公司合作來加速測速設備的發展,目標是開發一款價格低廉的測序設備。如果能夠像預期的一樣利用普通的電子設備,那么微滴測序設備成本將會降到10000美元。
“人們希望的無疑是高通量、低成本、高精度,我相信我們的微滴技術肯定能實現這個愿望。”Frayling說。“另一方面固態納米的測序系統在未來可能會有一定的優勢,因為它不僅能夠檢測進行DNA測序、甲基化測序,還能檢測傳統的測序所遺漏的低頻DNA修飾。我們希望能夠快速推薦微滴測序的商業化。”
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