Nature：一種用于測序非模式物種的新方法

　　被子植物(即開花植物)是主要的作物植物，并且在碳匯中具有至關重要的作用。因此，對它們的起源進行分析，將為我們提供關于這些作用起源的重要線索。之前的證據強烈暗示，無油樟科是所有其他現存開花植物的姊妹種系的單一生物物種。在3篇最近的文章中，無油樟基因組研究團隊和其他作者發布了一種新方法，用于測序非模式物種，例如無油樟現有的基因組，同時提供了證據，表明令人驚訝的大量水平基因轉移事件為其線粒體基因組做出了貢獻。

　　Chamala等人描述了一種針對具有大型以及復雜基因組的非模式物種的新的測序和組裝流水線策略。他們首先利用一種Illumina和 Sanger公司的細菌人工染色體末端組合制造了一種全基因組。他們隨后利用原位雜交中的熒光反應評估了裝配的準確性，這是之前以這種方式未曾探索過的一種技術。最終，為了進一步改進裝配的接觸性，他們完成了全基因組繪圖(正式名稱為光學映射)，這使得基因組片段的限制性內切酶的順序成為可能，即關閉了組裝中的剩余空間。

　　無油樟基因組研究團隊詮釋了無油樟科的核序列，并用它來分析被子植物的進化。結構分析證實了被子植物共同祖先中的一個全基因組復制事件，還揭示了導致無油樟科的世系中并沒有更進一步的此類事件。這種核基因組因此可以作為在其他開花植物基因組中闡明進化的一個很好的參考。例如，作者能夠重建真雙子葉植物的祖先——預六倍體基因排列，構成約75%的被子植物。

　　作者將無油樟科核基因組與22種陸生植物基因組進行了比較，從而鑒別出了超過1000個最初出現在被子植物中的基因，這些基因很可能與被子植物的起源有關。然而，他們發現，許多與開花有關的基因早于被子植物的起源時間，從而意味著這些基因能夠增進似花的功能。

　　Rice等人得到了無油樟科的3.9Mb的線粒體基因組，這比許多細菌基因組都大。作為水平基因轉移的一個結果，它包含了從綠藻、苔蘚和其他被子植物獲得的6個線粒體基因組的等價物。水平基因轉移的這一規模包括4種之前未曾發現的全基因組轉移。隨著外來DNA中獲得如此大的延伸，并完全來自綠色植物的線粒體，作者認為轉移發生在于捕獲整個線粒體，緊隨線粒體融合之后。

　　無油樟科的線粒體DNA被認為如此不同尋常，這是因為與大部分植物相比，無油樟科更多暴露在附生植物中，后者是一種在其他植物上生長的非寄生植物，并且由于它有一個傾向，能夠維持傷口和生產吸盤豆芽，這可能導致線粒體轉移。最終，它具有一種異乎尋常低頻率的線粒體DNA損失。

　　這種新策略毫無疑問對于其他非模式物種而言也是有用的，并且無油樟科獨一無二的進化位置將提供許多開花植物進化的信息。而水平基因轉移也提出了許多關于線粒體基因轉移機制和線粒體融合進化的新問題。