3種構型DNA中，特別是大溝的特征在遺傳信息表達過程中起關鍵作用，基因表達調控蛋白都是通過其分子上特定的氨基酸側鏈與溝中堿基對兩側潛在的氫原子供體（═NH）或受體（O和N）形成氫鍵而識別DNA遺傳信息的。由于大溝和小溝中這些氫原子供體和受體各異以及排列不同，所以大溝攜帶的信息要比小溝多。此外，溝的寬窄及深淺也直接影響堿基對的暴露程度，從而影響調控蛋白對DNA信息的識別。
B型DNA是活性最高的DNA構型，變構后的A型DNA仍有較高活性，變構后的Z型DNA活性明顯降低。
