1.全身水腫引起新生兒全身水腫的原因除溶血病外還有純合子珠蛋白生成障礙性貧血(地中海貧血)、嚴重的先天性心臟病大的動靜脈畸形、先天性腎病、先天性肝炎、子宮內感染母親患糖尿病等可通過臨床表現和血清學檢查與這些疾病鑒別。
2.生理性黃疸ABO溶血病輕癥僅出現輕度黃疸易被視為生理性黃疸而需鑒別。生理性黃疸較本癥出現晚、程度輕、不伴有貧血和肝脾大無全身癥狀，外周血有核紅細胞和紅細胞不升高。
3.感染敗血癥可引起貧血、黃疸肝脾大，易與溶血病混淆但敗血癥有中毒癥狀、體溫變化血清中結合膽紅素亦增高而無血型抗體等可進行鑒別。宮內其他感染，如巨細胞病毒、風疹病毒單純皰疹病毒等也可引起貧血黃疸肝脾大但多伴有視網膜脈絡膜炎顱內鈣化血清相應IgM抗體陽性，Coombs試驗陰性。
4.貧血失血性貧血不伴有黃疸，血型抗體陰性，且常可找到失血的原因，易鑒別。主要應與其他原因引起的溶血性疾病相鑒別，包括葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺陷、丙酮酸激酶缺乏己糖激酶缺乏、球形紅細胞增多癥橢圓形紅細胞增多癥等，主要鑒別點為這些疾病Coombs試驗陰性并出現異形紅細胞。
5.Rh溶血病Rh溶血病與ABO溶血病鑒別。