2.1.3 數據分析方法
采用 Protein Deconvolution 2.0 軟件對原始質譜圖進行去卷積處理，得到完整的蛋白質分子量信息。
2.2 氨基酸序列、糖基化位點和 ADC 藥物結合位點測定
2.2.1 儀器和試劑
質譜儀器：Q-Exactive（賽默飛世爾科技，美國）；
色譜儀器：Accela 液相色譜系統（賽默飛世爾科技，美國）；
色譜柱：Thermo Scientific, C18, 100? ,1.9 μm, 2.1×100 mm
試劑：二次去離子水，色譜級乙腈，色譜級甲酸。
2.2.2 儀器方法
色譜分析條件：具體見表 3；
表 3. 氨基酸序列測定的色譜分析條件
流動相 | A：0.1% 甲酸水溶液；B：0.1% 甲酸乙腈溶液 | |
流速 | 300 μL/min | |
柱溫 | 35℃ | |
色譜梯度 | 時間/min | B相濃度/% |
0 | 5 | |
4 | 5 | |
45 | 35 | |
50 | 90 | |
52 | 90 | |
52.5 | 5 | |
60 | 5 |
質譜分析條件：具體見表 4；
表 4. 氨基酸序列測定的質譜分析條件
噴霧電壓 | 3.5 kV |
毛細管加熱溫度 | 275℃ |
S-lens | 60 %; |
碰撞能量 | 27% 歸一化能量 |
碎裂方式 | HCD |
質量掃描范圍 | m/z 300–1800 |
分辨率 | 一級35,000（m/z 200）, |
二級17,500（m/z 200） |
2.2.3 數據分析方法
采用 Proteome Discoverer 1.3 軟件對原始譜圖進行數據庫搜索，具體搜庫參數為：包含單抗氨基酸序列的數據庫；半胱氨酸（C）烷基化（+57.021Da）設置為固定修飾；甲硫氨酸（M）氧化（+15.995Da）、天冬酰胺（N）和谷氨酰胺（Q）脫氨基化（+0.984Da）、賴氨酸（K）ADC結合（+956.3644Da）、天冬酰胺（N）G0F糖基化（+1444.5300Da）設置為可變修飾；trypsin 設置為酶；酶漏切位點為 2。
3. 結果與討論
3.1 蛋白質分子量測定
基于高分辨質譜 Q-Exactive，為了保證采集譜圖的質量和數量，我們設定 Orbitrap 檢測器的采集分辨率為 17,500。經過 Q-Exactive 質譜采集的 ADC 單抗藥物的原始色譜質譜總離子流圖和原始質譜圖如圖 2 和 3 所示，我們可以觀察到 ADC 抗體藥物在整個質量范圍內表現出均勻的電荷分布，不同電荷的質譜峰之間可以實現基線分離，從而可以判斷質譜的靈敏度、分辨率和信噪比都很高。同時選取強度較高的幾組質譜峰進行放大，放大之后的幾組質譜峰顯示相似的分布模式。
圖 2. ADC 抗體藥物色譜質譜流出圖
圖 3. ADC 抗體藥物原始質譜圖（紅色虛線框內為中間幾組峰的放大圖）