AFLP技術是一項新的分子標記技術，是基于PCR技術擴增基因組DNA限制性片段，基因組DNA先用限制性內切酶切割，然后將雙鏈接頭連接到DNA片段的末端，接頭序列和相鄰的限制性位點序列，作為引物結合位點。限制性片段用二種酶切割產生，一種是罕見切割酶，一種是常用切割酶。它結合了(限制性內切酶片段長度多態性) RFLP和PCR技術特點，具有RFLP技術的可靠性和PCR技術的高效性。
由于AFLP擴增可使某一品種出現特定的DNA譜帶，而在另一品種中可能無此譜帶產生，因此，這種通過引物誘導及DNA擴增后得到的DNA多態性可做為一種分子標記。AFLP可在一次單個反應中檢測到大量的片段。以說AFLP技術是一種新的而且有很大功能的DNA指紋技術.