(1)如何獲得Fo的精細結構圖像；
(2)質子通道c環與蛋白a之間的相互作用機制；
(3)質子流向與馬達轉向的對應切換機制；
(4)“轉子”γ軸的儲能機制；
(5)“定子”上的化學循環與“轉子”的步進式轉動之 問如何實現高效的力學化學耦合；
(6)三個催化位點順序可逆的構象變換：βo→←βL，βL→←βT和βT→←βo，與γ近距離的相互作用關系；
(7)三個催化位點全都結合核苷才能推動馬達轉動 還是只需要其中兩個結合；
(8)ADP和R與催化位點的結合和去結合是順序還是隨機的；
(9)催化位點聚合方向的構象變化是否有利于ADP和Pi的結合，反之。水解方向的構象變化是否有利于ATP的結合等。