三、數據導出后進行分析；
3.1 數據分析
基本設置
1. 確定基線
基線是qPCR擴增前期的熒光本底信號，一般都由儀器自動設置。不同儀器類型，基線的設置也略有不同，往往在熒光信號指數擴增階段的前幾個循環處，一般將定量PCR的前15個循環信號作為熒光本底信號，如果實驗數據中最低CT還小于基線的設置上限，研究人員則需要手動設置。其設置原則為：起始值設置為2或3，終止值的設置為整個反應板中擴增最強檢測因子的CT值減去2或3所得的值即可，一般設置在2-10的范圍內，不要超過15。
2. 設定閾值
熒光閾值的正確設置是進行數據分析的關鍵一步，熒光閾值的設置往往在熒光信號指數擴增的起始階段。一般情況下，內參基因的表達水平往往高于大多數的檢測基因。
3. CT值的獲得
所謂CT值就是在熒光PCR擴增過程中，當擴增產物的熒光信號達到設定的閾值（Threshold）時所經過的擴增循環次數（cycle），被稱為CT值。
4. 多數的定量PCR儀是以Excel的形式導出CT值。
5. 選取合適的內參基因，用ΔΔCT數據分析方法對定量PCR結果進行相對定量分析。
6. 所有CT值大于35或顯示N/A，均認為沒有檢測到該基因的表達。計算時按照CT值為35進行計算。
3.2 質量控制：
1. 通過定量PCR儀器分析軟件檢查每個檢測基因的擴增曲線及融解曲線，每個內參基因、目的基因PCR的融解曲線均特異性的顯示單峰。
2. PTC（陽性對照）反應孔，從融解曲線上分析均呈單一銳鋒，從擴增曲線上分析，CT值介于17～23之間。
3. RTC（spike-in反轉錄對照）反應孔，從融解曲線上分析均呈單一銳鋒，從擴增曲線上分析，CT值介于17～23之間。
3. 檢查GDC(基因組DNA污染)反應孔的CT值。如果GDC反應孔CT值大于35，表明樣本中存
在的少量基因組DNA污染不會影響基因表達定量檢測結果。
4. RTC和 PTC的三重復CT 值應比較接近，說明實驗重復性好。
3.3數據分析
下載數據分析系統 (http://www.biotnt.com)進行數據分析。此數據分析系統采用ΔΔCt 法來實現 fold-change 分析或基因的表達量水平(CT值)統計學分析。
1. 在開始分析前請下載并閱讀“Biotnt Array數據分析操作指南”。
2. 將CT值輸入相應的數據分析模板(Sample Data.xls和 Control Data.xls)，選擇合適的參照和分析參數。
注意：被選作采用ΔΔCt 法對qPCR Primer Array標準化的參數必須不受實驗設計影響。
因此需采用一個或多個已經過實驗確證的參數。參數的單個CT值或平均值可用于標準化實驗。
3. 完成指定分析。實驗重復至少3次后會得到統計數值(p值)。通過分析數據結果即可簡便快捷的篩選出您感興趣的基因，便于以后的研究。
使用限制
以下條款適用于BioTNT QPCR Array產品。產品購買者需遵守最終用戶限制許可條例。本產品僅限購買者內部研究使用，不得使用于人體或診斷、治療。未經BioTNT 事先書面同意，本產品不得轉售，不得重新包裝或修改后轉售，不得用于生產商用產品。
質量保證
BioTNT保證產品與產品數據表中描述的規格保持一致。
若經BioTNT證實產品未達到規格要求，BioTNT 將為您替換此產品。若無法替換，BioTNT將退款給購買者。此質量保證僅適用于最初產品購買者。
BioTNT僅負責替換產品或退還實際的購買金額。對于由使用或不正確使用產品產生的損害或使用其他相關材料和試劑產生的損耗，BioTNT不承擔責任。BioTNT不提供任何形式的明示的或者默示的保證，包括對適銷性、適用于特定用途的默示保證。