四、修飾的肽段在不同樣品間含量對比
BiopharmaLynx軟件可以比較不同樣品間某種肽段（包括突變肽段和特定修飾肽段）的含量差異，發現樣品間的細微差別，并用直觀的方式顯示出來。
五、BiopharmaLynx的樣品間肽圖對比
BiopharmaLynx軟件這可以自動地將各個批次樣品的肽圖與參照樣品的肽圖進行對比，幫助我們快速而敏銳地發現不同批次的樣品間有無細微差別。
六、二硫鍵的定位
二硫鍵對于蛋白質高級結構的形成和功能的維持具有重要的作用，二硫鍵的定位也是蛋白質結構分析的重要方面。但是二硫鍵的定位一直很耗時且非常具有挑戰性的事情，尤其是對于含有多對二硫鍵的蛋白質，如免疫球蛋白等。沃特世公司的肽圖分析完整解決方案通過獨特的UPLC/MSE數據采集方式和功能強大的BiopharmaLynx軟件，可以快速地自動完成二硫鍵的定位分析（見圖6）。
在生物藥領域，BiopharmaLynx軟件作為液質數據分析最為專業的軟件已經被廣泛使用。目前，全球前十大生物藥企業都已成為沃特世生物制藥解決方案的使用者。