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  • 發布時間:2019-11-03 18:59 原文鏈接: CRRSPR/Cas9基因敲除系統之sgRNA設計

    sgRNA設計網站介紹

    sgRNA的在線設計網站有:

    1、http://crispr.mit.edu/ ;

    2、http://www.e-crisp.org/E-CRISP/;

    等網站。這些網站雖然一定程度上滿足了部分研究 者的需要,但仍然存在很多不足和缺陷。例如:

    1、數據分析周期長;

    2、無具體的脫靶數據;

    3、可供選擇物 種十分有限。

    極大的影響了科研工作者的工作效率。鑒于此Biomics及時推出了本地化運行sgRNA軟件設計服務,2個工作日內可給出sgRNA設計結果,包括詳細的off‐target數據,且不限物種,提高科研工作效率!

    設計要點


    一、設計選項

    1、基因信息或基因ID;

    2、種屬信息;

    3、Cas9/sgRNA類型,比如spCas9 nickase需要設計一對sgRNA;

    4、CRISPR類型,例如敲入、敲除、抑制、激活;

    5、PAM類型,NGG或者NAG等。

    二、基因敲除設計思路

    1、根據相應基因及種屬信息,在NCBI或ENSEMBLE中進行查找,并明確CDS的外顯子部分;

    2、確定待敲除位點,對于蛋白編碼基因,如果該蛋白具 重要結構功能域,可考慮將基因敲除位點設計在編碼該 結構域的外顯子;如果不能確定基因產物性質,可選擇將 待敲除位點放在起始密碼子ATG后的外顯子上。如果是microRNA, 可以將待敲除位點設計在編碼成熟microRNA的外顯子或在 編碼成熟microRNA的外顯子的5’和3’側翼序列。

    Biomics本地化設計軟件

    一、潛在靶點輸出

    百奧邁科sgRNA 設計軟件數據輸出包括sgRNA靶點序列,靶點全基因組潛在脫靶分析、外顯子等信息。

    二、脫靶數據分析

    盡管現有sgRNA設計軟件總結了一些規律,但仍然非常有限,因此預測sgRNA 的敲除效率仍然不盡如人意。Biomics sgRNA設計軟件主要關注避免Cas9脫靶效應,以確保成功設計的sgRNA盡可能的減少脫靶效應。在此基礎上通過試驗篩選設計的sgRNA靶點,選擇敲除效率高的sgRNA靶點用于最終的下游試驗。


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