Cell：首次構建出哺乳動物單細胞染色質可接近性圖譜

　　科學家們對DNA纏繞和包裝到所謂的染色質中的方式感興趣，這是因為這會影響每個細胞中可用到的遺傳信息。DNA就像串在一根繩子上的念珠。在這些分子“念珠”移動的地方會有空間形成，這樣蛋白就能夠訪問和“讀取”遺傳信息。這種狀態或者說這種基因組特征就是染色質可接近性（chromatin accessibility, 也譯作染色質開放性）。

　　在一項新的研究中，來自美國華盛頓大學的研究人員利用他們之前開發出的一種被稱作sci-ATAC-seq的測定方法分析了來自13種成年雄性小鼠組織的近10萬個細胞。這些組織是骨髓、大腸、心臟、腎臟、肝臟、肺部、小腸、脾臟、睪丸、胸腺、全腦、小腦和大腦前額皮層。相關研究結果發表在2018年8月23日的Cell期刊上，論文標題為“A Single-Cell Atlas

圖片來自Cell, doi:10.1016/j.cell.2018.06.052。

　　這些研究人員觀察到85種不同的染色質可接近性模式，并且能夠將大部分染色質可接近性模式分配給特定的細胞類型。他們還對40萬多個潛在的調節元件進行目錄編制。總體而言，他們能夠鑒定出具有類似的染色質可接近性模式的細胞群體，隨后對每個細胞群體進行研究以便篩選出不同的細胞類型。

　　這些研究人員說，他們的數據質量是存在差異的，這主要取決于組織類型。來自睪丸中的精子祖細胞的數據質量是最低的，這是因為DNA在這些生殖細胞中的包裝是與眾不同的。

　　這些研究人員表示，這種單細胞染色質可接近性圖譜是世界各地實驗室正在編制人類、小鼠和其他物種的細胞類型綜合圖譜的努力的一部分。Shendure實驗室、Trapnell實驗室和其他的實驗室已為發育中的線蟲和果蠅構建出相關的圖譜。

　　這種單細胞染色質可接近性圖譜收集的數據可能促進對細胞譜系的發育通路和形成的理解。比如，科學家們能夠利用這種資源理解當未成熟的造血干細胞變成具有特定作用的成熟血細胞時染色質可接近性如何發生變化。