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  • 發布時間:2020-09-01 14:40 原文鏈接: DHPLC內容簡介

    用以檢測T2DM的眾多候選基因突變所需要的技術,既要求能夠自動化、高通量進行,也要求除PCR之外,勿需進行PCR引物修飾、購買特殊試劑、檢測標記信號或作其它的樣品處理;而目前已有的許多DNA突變分析技術諸如單鏈構象多態性 (single-strand conformation polymorphism,SSCP) 、變性梯度凝膠電泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)等均不能滿足此要求。近年來建立并迅速發展的DHPLC是一種新型基因突變篩查技術,符合上述的要求,可用于單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism, SNP),小片段缺失或插入等多種基因突變的檢測。DHPLC具有高通量檢測、自動化程度高、靈敏度和特異性較高、檢測DNA片段和長度變動范圍廣、相對價廉等優點。與傳統的SSCP 、DGGE等方法相比,DHPLC有較多的優點。SSCP的結果受血樣質量、提取方法等因素的影響,并且需要跑膠、電泳;DGGE則需要標記引物,存在放射性污染,這兩種方法都比較費時費力。而DHPLC則高度自動化,可以自動取樣,檢測每個樣品只需要8分鐘左右。DHPLC與其他檢測DNA突變方法的最大不同在于,它能夠純化DNA片斷。當然,只能檢測雜合突變是DHPLC的不足之處,但是這可以利用混合的方法(即將純合突變樣品和野生型樣品混合)來解決。

    其原理是:在部分變性的條件下,通過雜合與純合二倍體在柱中保留時間的差異,發現DNA突變。異源雙鏈DNA與同源雙鏈DNA的解鏈特性不同,在部分變性條件下,異源雙鏈因有錯配區的存在而更易變性,在色譜柱中的保留時間短于同源雙鏈,故先被洗脫下來,在色譜圖中表現為雙峰或多峰的洗脫曲線。

    用DHPLC篩查突變的時候,要注意以下幾個方面:

    (1)PCR產物要有高度特異性,以免用DHPLC檢測時產生假陽性結果。可以使用pfu酶來代替Taq酶,以消除主峰前面那個由于使用Taq酶而出現的雜峰,避免出現假陽性。

    (2)退火溫度的估算很重要。利用Navigator software計算出的退火溫度通常能夠篩查到大部分的突變,如果與δ螺旋等計算方法聯合應用,來估算退火溫度,將更加準確。


    (3)當篩查大樣本量的時候,要注意經常用已知突變的樣本來做對照,檢測條件是否合適,以保證良好的重復性。只要保證以上幾個方面,用DHPLC就基本可以篩查到100%的SNP以及插入/缺失片斷突變。


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