控制器指導和初始合成儀的所有活動，它的主要部分是軟件、微處理機、顯示屏幕、鍵板及相關的電子部件。軟件控制合成的所有必要操作并由微處理機來解釋和執行。軟件儲存在一個可取出的存儲卡中，這個存儲卡插在儀器的背面。合成信息顯示在液晶顯示屏上，通過選擇鍵板上的鍵可與儀器交流。軟件是“菜單驅動”，通過按適當的鍵，可選擇一項，給予指令。為了完成自動合成，軟件應用一個包含一系列步驟的循環來完成全部化學反應。
