DNA合成儀一般需堿基瓶組及試劑瓶組。試劑瓶組一般最少為6個，含脫保護劑（Deb）、活化劑（act）、蓋帽試劑A（capA)、蓋帽試劑B(capB)、氧化劑（OXI）及洗脫乙腈（ACN），每種儀器一般都多設置1-2個試劑瓶位，用于特殊產物的合成。堿基瓶組一般最少為4個標準堿基（A/C/G/T）,同時搭配2-多個特殊堿基瓶位，用于熒光標記等合成。
