DNA小片段的純化回收

DNA 電泳

小于100bp的片斷通常在電泳時就比較難觀察分辨，需要用分辨率很高的瓊脂糖或者丙烯酰胺凝膠。比如Cambrex的NuSieve 3:1或者GTG，或者是大名鼎鼎的MetaPhor瓊脂糖。所以實際上對于小片斷，可以分為兩種情況：

一個是真的要回收電泳中特別小的片斷，這種情況我們前面有提到，比如Qiagen MinElute系列可以回收70bp以上的片斷；而QIAEX純化介質可以回收40bp以上的小片斷，可以根據情況選擇。

另外一種情況是要去除一些小片斷或者是核苷酸、標記物、或者是一些酶切碎片，或者去掉接頭（Linker/Adeptor）或者什么的。其實這時已經不需要用電泳來分別，也就算不上膠回收的范圍，不過既然提到了就順手寫寫。

PCR產物回收試劑盒實際上也是一種除去小片斷的試劑盒，通常回收范圍是100bp到10KB之間，也就是說將小于100bp（或者70bp）的引物或者引物二聚體連同其他雜質一同去除，操作簡單，只需要將PCR產物加入過濾純化柱中離心，清洗一次，洗脫就可以了，5分鐘搞定，回收率高達95%。

PCR后需要酶切時，以前常常為省略跑膠純化的步驟，要在PCR產物中直接酶切，往往導致一些酶切問題，如今用這種PCR產物純化試劑盒就不用電泳，5分鐘OK了。用不著冒險直接酶切――萬一酶切有問題多麻煩呀。

通常同一個品牌的PCR產純化試劑盒和膠回收試劑盒的柱子是同樣的柱子，區別是膠回收試劑盒多一個溶膠液。所以，你可以用膠回收試劑盒做PCR產物純化，溶膠液照加可也，調pH和鹽濃度而已。

如果需要純化寡核苷酸或者引物，Qiagen的QIAquick Nucleotide Removal Kit是一個好選擇。可以用于純化17-40mer的寡核苷酸小分子，以及40bp-10kb的DNA 。用于純化標記反應是不錯的選擇，方法和PCR產物回收試劑盒是一樣的，很方便。

除了這種膜吸附的柱子，還有一種凝膠過濾原理的柱子也可以用于分段收集不同大小的產物，那個在建庫等實驗中用的比較多，也有用于純化標記反應中的未標記分子或者核苷酸的。

很小的DNA 片斷常常會用PAGE膠電泳。

PAGE膠好像還沒有很好的溶解方法，除了我們前面提到的電洗脫，Qiagen還提供一些私人方法，在應急的時候可以嘗試。將切割下來的PAGE條帶沖洗后加入指管中，加入2倍體積的分散緩沖液（0.5M醋酸胺、10mM的醋酸鎂，1mM EDTA， 0.1%SDS，pH8.0）50度保溫30分鐘，離心取上清，避免混入碎膠，加入3倍體積的溶膠液，后面步驟一樣。這樣也可以回收PAGE膠里的片斷。