酚－氯仿方法是提取核酸的經典方法，主要原理是利用核酸、蛋白等雜質在水相和有機相中溶解度不同而重新分配。
試劑盒原理是在特定溶液環境下（高鹽、低pH)使核酸吸附在固相介質（一般是硅膠膜）上，洗滌去除雜質后，再改變溶液環境使DNA溶解到純水或TE中。
酚氯仿方法經典、便宜，用的都是實驗室常用試劑，提純效率和純度都很高，但缺點是費時費力，苯酚和氯仿還有一定毒性，我見過的實驗室很少有用這種方法的。
試劑盒嚴格來說也分好多種，經典的是離心柱的，就是把硅膠膜固定在離心管中，類似于超濾膜，用離心力或者負壓讓液體通過硅膠膜，核酸就留在膜上。在經過洗滌、洗脫的步驟得到核酸。這種方法的優點是操作簡單、時間短，現在也能達到很高的質量，價格也不貴。缺點是不易放大，需要多次離心。
試劑盒基本步驟是先使樣本裂解，在特定溶液中通過離心流過硅膠膜，再經過幾次洗滌，最后加上洗脫液，離心后核酸就溶解到洗脫液中。具體的你可以根據你自己的需要到網上查一下說明書，現在做試劑盒公司的很多，步驟大同小異。
試劑盒也不是一定很便宜，對一些難度高（病毒核酸、法醫樣本核酸）或者要求高（去內毒素）的用途也比較貴。還有一種磁珠法提取，不需要離心，易于放大，可以用于自動化操作。這種高端一點的產品基本上是外國公司壟斷的。