待測已提純的DNA，可為單鏈，也可為雙鏈。
科學家在一個蝕刻有納米結構的微陣列芯片上放置了數以千計的波導管。這是一種微型、中空的金屬管，直徑大約20納米，體積大約是1毫微微微升，一個DNA分子外加一個DNA多聚酶分子便可將管內空間占滿。這樣一來，僅在一塊小小的芯片上，就能同時進行數千個測序反應。尤其可貴的是，在這種微型波導管中進行測序反應時，干擾會顯著減少，也就是說可以大幅提高精確度。
目前的產品中，每個芯片上的波導管大約有3000個，太平洋生物科學公司打算2010年推出這一級別的產品。據公司創始人特納預計，到2013年，將實現每張芯片放置一百萬個波導管，屆時將能在半小時內測完人類基因組全序列，精確度達到99.999%，花費低于1000美元。
盡管美國得克薩斯州貝勒醫學院的邁克爾·梅茲克博士表示特納的展望過于樂觀，但這樣驚人的速度讓我們仿佛看到了計算機CPU曾經的前進步伐——集成電路上容納的晶體管數目，每18個月就會增加一倍，性能也將提升一倍。有人評論道，DNA測序技術將跟隨計算機技術和通訊技術成為第三個“摩爾定律化”的學科產業。