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  • 發布時間:2020-09-14 11:10 原文鏈接: DNA測序技術(非同位素銀染測序系統操作技術與T7DNA...4

    7. 在超純水中浸洗凝膠兩次,每次2分鐘,注意在本操作中戴手套拿著膠板邊緣避免在膠上印上指紋。

    8. 將凝膠置于室溫干燥或用抽氣加熱法干燥。在可見光燈箱或亮白,黃色背景(如紙)上觀察凝膠,若需永久保存的記錄,則可用EDF膠片保留實驗結果。

    [注意] 測序產物的銀染是顯現序列信息的一種新方法,本系統的成敗受幾個因素的影響。

    1. 水的質量對于染色的成功極其重要。超純水(NANOpureR 或Milli-QR 的水)或雙蒸水可獲得較好的效果,如果水中有雜質,則低分子量條帶可能無法出現。

    2. 碳酸鈉也非常重要。使用新鮮的,美國化學學會級碳酸鈉較好,如Fisher和Kodak ACS試劑級碳酸鈉(Fisher Cat #S263-500或S262-3,或Kodak Cat #109-1990),一般可獲得較好的結果。


    3. 染色后的洗滌步驟是非常關鍵的。如果凝膠洗滌時間太長,銀顆粒會脫離DNA ,產生很少或沒有序列信號。如果洗滌時間過長,染色步驟可以重新進行。

    4. 如果凝膠厚度超過0.4mm或丙烯酰胺濃度高于4-6%,則有必要延長固定和染色的時間。如果凝膠比0.4mm薄,染色反應后的洗滌必須縮短至不超過5 秒。

    5. 在室溫下進行所有步驟,顯影反應除外。顯影溶液必須預冷至10-12℃以減小背景雜色。注意:臨用前在顯影溶液中加入甲醛和硫代硫酸鈉。用新配的染色及顯影溶液。不要重復使用任何溶液。

    (五)、EDF膠片顯影

    使用EDF膠片可增強測序條帶的對比度,如果測序膠上條帶很淡,我們建議把數據轉移至EDF膠片,銀染膠在其影像轉移至EDF膠片之后可增強條帶可讀性。

    1. 在暗室內,將染色過的粘于玻璃板的凝膠(膠面向上)置于熒光燈箱上。如有合適的漫射板,亦可用白燈箱,為確保曝光時間,用一小條EDF膠片曝光不同時間,檢查不同的曝光強度,一般曝光20--40秒可得較好結果。



    2. 在紅燈下找到EDF膠片有缺刻的一角,然后把膠片置于凝膠上,使缺口位于左上角。由于EDF膠片是單面的,因此必須確保缺口在左上角。

    3. 在EDF膠片上放置一干凈、干燥的玻璃板,開亮燈箱約20秒。

    4. 用沖顯放射自顯影膠片的步驟手工顯影EDF膠片,可使用下列操作過程:

    a. 在Kodak GBX顯影液中顯影1-5分鐘;

    b. 水洗1分鐘;

    c. 在Kodak GBX定影液中定影3分鐘;

    d. 水洗1分鐘.

    [注意] 1. 進行EDF膠片顯影之前凝膠必須完全干燥。戴手套進行操作,以免印上指紋。同時注意EDF膠片不能用自動膠片處理器。

    2. 對于不同的光源最佳曝光時間可能不同,通過對一小條EDF膠片曝光不同時間以選擇你所用光源的最佳曝光時間,參閱膠片說明書。

    3. 曝光時間短則EDF膠片影像較深,曝光時間長則有助于減弱背景。

    第二節 T7 DN A聚合酶測序技術

    一、概述

    T7 DNA 聚合酶最初具有5'→3'聚合酶活性以及單鏈和雙鏈3'→5'外切酶活性。當T7 DNA 聚合酶用適當方法處理后,可使3'→5'外切酶活力明顯下降。改造后的T7 DNA 聚合酶又稱T7測序酶。

    使用T7測序酶得到的測序數據具有在每個堿基位置都有相對均勻的配對參入。因此,放射自顯影所得到的結果較為清晰易辯,對于許多模板來說,使用含有 dGTP的混合物即可得到理想的測序結果。然而,如果出現了帶壓縮的問題,則用含dITP的混合物來取代常規的dGTP。dITP的摻入,使在富含GC的模板中也能有效地消除帶壓縮現象。


    T7測序酶具有很高的聚合速度,并有高度的延續性,正因如此,該酶在使用中不同于Klenow片段和反轉錄酶。它幾乎沒有錯誤性的終止,整個反應在很短的時間內完成,并且不需要進行追加反應(Chase step)。 然而對于有緊密二級結構的區域,錯誤的終止反應會給閱讀序列帶來困難。如果碰到這些情況,應使用一些高溫DNA 聚合酶,如Promega公司的測序級Taq DNA 酶。利用高溫DNA 聚合酶獨有的耐熱特性,測序反應可在不利于形成二級結構的高溫條件下進行。

    T7 DNA 聚合酶測序的快速而簡便的方法是從Klenow酶和AMV反轉錄酶測序的操作步驟修改而來的,它的最大優點是具有很高的5'-3'的DNA 合成活性和極低的3'-5'端外切酶的活性。在測序過程中,若以同位素標記則相對于大腸桿菌DNA 聚合酶Ⅰ的大片段Klenow,或反轉錄酶AMV而言,則可使條帶非常的均一,并且它的放射性背景極低。

    T7 DNA 聚合酶測序時DNA 的合成的過程是分二步完成的。第一步為標記反應階段,第二步方為雙脫氧鏈末端終止的DNA 合成過程。在第一步過程中,引物的延伸是在較低濃度的脫氧三磷酸核苷酸的存在下完成的,在此反應過程中,已含有經放射性標記的dATP。第二步過程中,脫氧三磷酸核苷酸濃度提高,并且加入雙脫氧的三磷酸核苷酸,DNA 在合成過程中,因加入的雙脫氧三磷酸核苷酸而隨機終止,形成長短不一的DNA 片段。



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