EI源電離效率高，能量分散小，結構簡單，操作方便，得到的質譜圖具有一定的特征，但不適合分子量高、熱不穩定的化合物分析。除此之外，載氣也可能被電離，所以通常選用電離電位較高的氦氣。CI源將反應氣體（常用甲烷、異丁烷，氨氣等）與樣品按照一定比例混合后，進行電子轟擊，得到比待測組分分子打一個質量數的（M+1）的準分子離子。這些離子也可能失去一個H2產生（M-1），樣品分子很少發生化學鍵斷裂，碎片離子少，分子離子峰強度弱，但是（M+1）離子峰強度大，由此可以得到樣品分子的分子量信息。反應氣不同，CI譜圖也不同，可以用于推斷化合物立體結構。EI源可以用于譜圖的檢索，可以檢索后直接給出物質的結構式，當然前提是樣品在進入儀器分析前處理較為合適，色譜分離較為理想。EI源就是電子轟擊，CI源是化學轟擊，需要用到反應氣體。電離方式不同，EI是電子直接轟擊化合物使其電離。CI是電子先電離反應氣，由電離的反應氣再和化合物電離反應。質聯用儀，廣泛應用于復雜組分的分離與鑒定中，其分辨率和靈敏度高，是生物樣品中藥物與代謝物定性定量的有效工具。TRIDION-9采用極小內徑低熱質毛細管氣相色譜，為化學物質的分離提供更高效、更快速的解決方案。快速的程序升溫系統使化合物的分析時間少于3min。并可實現溫升速率為每秒2.5°C。微型化的電子壓力控制系統有助于增強氦氣流速的穩定性，有助于增強氣相色譜的再現性，提高化合物的鑒定精確性。環狀離子阱質譜分析器能夠檢測更為寬泛的質量數范圍，具有高靈敏，高選擇性特點。環狀離子阱質譜的靈敏性和選擇性適合非常多化合物的分析，彩色的觸摸顯示屏和簡單的操作按鍵，使TRIDION-9的操作變得更加簡單。