| 質控菌株中文名 | 質控菌株學名 | 編號 | 質控菌株中文名 | 質控菌株學名 | 編號 |
| 大腸埃希氏菌 | Escherichia coli | ATCC25922 | 單核細胞增生李斯特氏菌 | Listeria monocytogenes | ATCC19115 |
| 福氏志賀氏菌 | Shigella flexneri | CMCC(B)51572 | 英諾克李斯特氏菌 | Listeria innocua | ATCC330090 |
| 痢疾志賀氏菌 | Shigella dysenteriae | CMCC(B)51105 | 小腸結腸炎耶爾森氏菌 | Yersinia enterocolitica | CMCC(B)52204 |
| 宋內志賀氏菌 | Shigella sonnei | CMCC(B)51592 | 弗氏檸檬酸桿菌 | Citrobacter freundii | ATCC43864 |
| 阪崎腸桿菌 | Enterobacter sakazakii | ATCC28544 | 嬰兒雙岐桿菌 | Bifidobacterium infantis | CICC6069 |
| 產氣腸桿菌 | Enterobacter aerogenes | ATCC13048 | 德氏乳桿菌保加利亞亞種 | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | CICC6032 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | Klebsiella pneumoniae | CMCC(B)46117 | 糞產堿桿菌 | Alcaligenes faecalis | CMCC(B)40001 |
| 傷寒沙門氏菌 | Salmonella typhi | CMCC(B)50071 | 植物乳桿菌 | Lactobacillus plantarum | GIM1.140 |
| 鼠傷寒沙門氏菌 | Salmonella typhimurium | ATCC14028 | 硝酸鹽陰性不動桿菌 | Acinetobacter anitratum | CMCC(B)25001 |
| 腸炎沙門氏菌 | Salmonella enteritidis | CMCC(B)50335 | 創傷弧菌 | vibrio vulnificus | ATCC27562 |
| 奇異變形桿菌 | Proteus mirabilis | CMCC(B)49005 | 霍亂弧菌 | Vibrio cholerae | VBO |
| 普通變形桿菌 | Proteus vulgaris | CMCC(B)49027 | 副溶血性弧菌 | Vibrio parahaemolyticus | ATCC17802 |
| 空腸彎曲菌 | Campylobacter jejuni | ATCC33291 | 溶藻弧菌 | Vibrio alginolyticus | ATCC33787 |
| 結腸彎曲菌 | Campylobacter coli | ATCC43478 | 銅綠假單胞菌 | Pseudomonas aeruginosa | ATCC27853 |
| 嗜水氣單胞菌 | Aeromonas hydrophila | As1.172 | 枯草芽胞桿菌 | Bacillus subtilis | ATCC6633 |
| 糞腸球菌 | Enterococcus faecalis | ATCC29212 | 蕈狀芽胞桿菌 | Bacillus mycoides | ATCC10206 |
| 金黃色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus | ATCC6538 | 產氣莢膜梭菌 | Clostridium perfringens | ATCC13124 |
| 表皮葡萄球菌 | Staphylococcus epidermidis | CMCC(B)26069 | 艱難梭菌 | Clostridium difficile | ATCC43593 |
| 嗜熱鏈球菌 | Streptococcus thermophilus | IFFI6038 | 釀酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | ATCC9763 |
| 蠟樣芽胞桿菌 | Bacillus cereus | CMCC(B)63303 | 黑曲霉 | Aspergillus niger | ATCC16404 |
| 大腸埃希氏菌O157:H7 |
| NCTC12900 | 金黃色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus (B-P瓊脂質控) | ATCC25923 |
