在GC-MS分析中，色譜的分離與質譜數據的采集同時進行，為了使每個組分都得到分離和鑒定，必須設備合適的色譜和質譜分析條件：
色譜條件包括色譜柱類型（填充柱或毛細管柱），固定液種類，汽化溫度，載氣流量，分流比，溫升程序等。
設置原則是：
一般情況下均使用毛細管柱，極性樣品使用極性毛細管柱，非極性樣品采用非極性毛細管柱，未知樣品可先用中等極性毛細管柱，試用后再調整。當然，如果有文獻可以參考，就采用文獻所用條件。
質譜條件包括：
電離電壓，電子電流，掃描速度，質量范圍，這些都要根據樣品情況進行設定。為了保護燈綠和倍增器，在設定質譜條件時，還要設置溶劑去除時間，使溶劑峰通過離子源之后再打開燈綠和倍增器。在所有的條件確定之后，將樣品用微量注射器注入進樣口，同時，啟動色譜與質譜，進行GC-MS分析。