YFP和GFP其實是序列基本相同的兩種蛋白，YFP就是把Thr203以Tyr取代，GFP則不發出綠色熒光，而發出較長波長的黃色熒光，也就是YFP。因此兩者最大的區別則是發射波長了。
我覺得這兩種蛋白標記應該都沒有問題，只是有幾個問題應該考慮：
1. 應該標記在C端，一般的核定位序列均位于蛋白N端，如果將GFP或者YFP標記在N端很可能影響核定位；
2. 取決于你的核探針，如果是紅色的探針，選用GFP比較經典，兩者疊合的橙色也是很多文獻上常采用的。但如果是藍色的探針，則選用黃色比較容易區分一點，比較好看，不過做這個的好像也不太多。
最后還有一點就是GFP的質粒比較多，很多還有EGFP序列，比如我們實驗室的EGFP熒光就非常好看，所以我還是建議你選經典的GFP\EGFP。祝實驗順利。