目前液相色譜的填料主要為硅膠及其鍵合硅膠。硅膠的主要優點是柱效高，機械強度高，物理性質如孔結構、孔徑、比表面積和孔徑易于控制，通過表面改性可獲得多種功能固定相.在高效液相色譜的發展的過程中曾使用過大顆粒全多孔硅膠、表面多孔的顆粒、小顆粒全多孔硅膠。
高效液相色譜使用中孔和大孔全多孔的硅膠。現代高效液相色譜填料絕大多數用鍵合的方法將活性基團接枝到基質上，全多孔硅膠是使用最為普片的基質。
但硅膠基質存在如下缺點：（1）硅膠填料穩定pH范圍較窄，硅膠在溫和堿性條件下不穩定
,在 ｐＨ >8時徹底溶解。（2）堿性化合物在固定相上拖尾比較嚴重，甚至產生不可逆吸附；（3）在ｐＨ
>4時，硅膠的去質子硅醇基（PKａ為6～8)與生物分子的堿性部分發生非特異反應。因此，硅膠不能滿足部分化合物尤其是生物物質和堿性藥物的分離的要求。
針對上述問題，可通過減少改進基質性能而限制這些缺陷
,常用的辦法是提高氧化硅純度或對硅膠表面進行一些預處理,也可以通過用單體或聚合硅烷對硅醇基進行化學修飾而使表面活性降至最低。然而
,在低pH值條件下 ,硅烷鍵會逐漸將水解 ,引起色譜性能改變。由于硅膠的化學不穩定性
,合成既具有良好化學穩定性的新型色譜介質受到關注。如有機聚合物、氧化鋁、氧化鋯、石墨碳等受到重視。
有機聚合物固定相機械強度不高，在流動相中會溶脹 ，微生物存在時易分解，耐高溫性能較差，色譜柱效比較低 ，難以進行梯度洗脫，因而其應用受到一定的限制.