皮膚型的HPV人群感染率非常普遍，如上述常見的尋常疣、趾疣、扁平疣等，無法得到具體的感染率，比較引起注意到是高危型的HPV感染和外生殖器的低危型HPV感染造成的生殖器疣和宮頸癌，據統計在全球的性病中，HPV感染引起的生殖器疣占15-20%。
關于女性生殖道感染HPV的流行情況，據2003-2004年來自美國的國家健康和營養研究課題的一個調查結果顯示，14-59歲的HPV總感染率為26.8%，所以HPV感染在女性造成的負擔超出之前的估計。
我國的HPV感染的流行病學篩查未見大樣本的報告，但是由HPV感染造成的性病中的尖銳濕疣的發病率在迅速上升，估計發病率應該是性病中最多的，因為存在大量的漏報和不報。我國每年約有13.15萬新發現的宮頸癌，報告中發病率和死亡率有增加趨勢，且宮頸癌發病年齡年輕化，可以預見Hpv感染造成在我國造成的損失的巨大。