LCMS系統背景消除

與GC-MS相比，LC-MS 的系統噪聲要大得多，它產生于大量的溶劑及其所含雜質直接導入離子化室造成的化學噪聲及在高電場中的復雜行為所產生的電噪聲。這些噪聲常常會淹沒信號，以至于有時在總離子流（TLC）圖上無法看到峰的出現。在LC-MS分析中，消除系統噪聲可從以下幾個方面入手。
1.有機溶劑和水
    市售的溶劑如甲醇、乙腈等以色譜純度的為最好，但它們在生產中所控制的主要指標為200nm附近的紫外吸收。對一些在ESI條件下可產生很強信號的雜質并沒有加以控制，例如，無論是國產或進口試劑中經常發現很強的增塑劑（鄰苯二甲酸酯）信號m/z149、m/z315、m/z319，造成很高的背景。由于目前尚無電噴霧純的溶劑上市，需要自己設法加以純化。分析中所用的水應為去離子水并保存在塑料容器中以減少鈉離子的混入。
2. 樣品的純化
    體液中含有大量的生物學基質，它們對噪聲的貢獻在所有分析方法中都是同樣存在的。因此LC-MS分析體液中大量的工作仍是樣品的前處理，采用LC-MS分析體液一般不直接進樣。簡單的固相萃取或液; 液萃取即可將體液中的大部分雜質除掉，既保護了分離柱又降低了背景。
3.系統清洗
    大多數的復雜樣品污染輸液管路、噴口、毛細管等，儀器使用一段時間，應清洗系統。