Macrogen千年基因應邀赴汕頭國際眼科中心進行學術交流

　　12月21日，Macrogen千年基因應邀赴汕頭大學?香港中文大學聯合汕頭國際眼科中心進行學術交流，該中心的陳建歡老師、陳浩宇主任等數十名研究人員參加了會議。會議期間，雙方共同探討了眼科疾病的研究進展及基因組學技術在該類疾病研究中的應用。基于汕頭國際眼科中心在眼病基因組學領域取得的科研成果，以及Macrogen千年基因與中山大學中山眼科中心、四川省人民醫院、湘雅醫院、北京大學第三醫院、上海交通大學附屬新華醫院、香港中文大學等單位完成上千份外顯子組和轉錄組測序獲得的豐富經驗，雙方肯定了高通量測序在眼科單基因病研究中的重要作用，并對外顯子組和轉錄組測序項目中的具體問題，如樣本選擇、方案設計及數據分析等，進行了深入溝通，力求借助該技術從基因層面深入探究疾病的成因，使疾病的基因診斷和靶向治療成為可能。本次學術交流的圓滿舉辦將為雙方的項目合作奠定良好的基礎，并推動前沿技術在醫學研究中的應用和實踐，從而造福眼疾患者，促進我國眼科事業的蓬勃發展。

　　外顯子組測序是指利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法，可發現常見變異及小于5%的低頻突變，目前已廣泛應用于單基因疾病、復雜疾病(如糖尿病)甚至是癌癥的致病基因或易感基因研究。與全基因組重測序相比，外顯子組測序重點關注外顯子區域的 DNA，因此在相同的預算下，能夠獲得更高的測序覆蓋度及數據準確性。同時，基于大量公共數據庫提供的外顯子組數據，研究人員能夠結合現有資源更好地解釋外顯子組測序結果。以Macrogen千年基因常用的Illumina TruSeq捕獲平臺為例，該平臺的捕獲范圍為62M，可覆蓋外顯子組、外顯子側翼序列、3’及5’UTR區、部分miRNA序列，對CCDS數據庫的覆蓋率>97%，RefSeq覆蓋率> 96%，Encode覆蓋率> 93%。

　　遺傳性眼科疾病是由遺傳物質變異導致的疾病，約有600余種，且除了先天性白內障、遺傳性角膜營養不良等，大多數很難通過傳統的方法進行治療，目前已成為影響視覺系統的重要疾病。隨著眼科遺傳學和高通量測序技術的迅速發展，外顯子組測序技術已廣泛應用于眼科疾病的研究。2010年11 月，Science報道了華盛頓大學對于葡萄膜惡性黑色素瘤致病基因的研究成果，研究人員利用外顯子組測序技術鑒定出該病的致病基因BAP1，這是外顯子組測序技術首次成功應用于眼科疾病的研究。隨后研究人員也利用該技術鑒定了高度近視等多種眼科疾病的致病基因，這些研究成果為眼科患者的診斷和靶向治療提供了理論基礎。

　　汕頭國際眼科中心的研究人員對外顯子組測序技術非常關注，希望該技術能廣泛應用于更多眼科疾病的研究和分子水平的診斷。該技術是在全外顯子組范圍內進行疾病相關變異的檢測，由于數據量較多，實驗的質量就顯得尤為重要，過多的假陽性或假陰性結果都會直接導致實驗失敗。假陽性的檢測結果會導致候選的變異位點數量過多，大幅增加后期驗證及功能研究實驗的工作量。假陰性的檢測結果會導致有價值的相關變異信息的遺漏，無法達到實驗目的。關于這一點，該中心的研究人員表示，對前期與Macrogen千年基因合作的外顯子組測序及信息分析的結果質量均非常滿意，因此充分信賴其 “國際最高質量”的品牌信譽。

　　關于Macrogen千年基因的“國際最高質量”，與會的醫學項目負責人劉南松博士作了詳細說明。盡管目前用于外顯子組捕獲的平臺較多，但一般應用 HiSeq 2000平臺完成捕獲DNA樣品的測序。Macrogen作為Illumina Genome Network全球三家成員之一，嚴格使用Illumina原廠試劑，遵循Illumina Genome Network管理，是HiSeq 2000平臺的全球質量代表。通過對前期大量測序結果的統計分析得知，平均99%堿基準確度達到Q20，保證85%堿基準確度達到Q30，平均clean data占raw data的比例大于90%。另外，對于外顯子組測序，除了以上幾個重要因素之外，測序均一性也對數據的后期分析起到至關重要的作用。雖然外顯子組測序的整體覆蓋度一般都大于100X，但由于測序過程中存在一定的序列偏向性，部分外顯子區域的測序覆蓋度較低。在進行信息分析時，通常會將覆蓋度低于10X的外顯子區域過濾掉，以便提高分析結果的可靠性。Macrogen千年基因的測序結果中，85%-90%的外顯子區域覆蓋度大于10 X，而國內很多公司的這一比例僅為70%左右。因此，Macrogen千年基因能夠向研究人員提供國際最高質量的測序數據。

　　在充分了解了Macrogen千年基因“國際最高質量”的優勢后，汕頭國際眼科中心的研究人員均表示將來會與千年基因開展更多項目合作，并相信千年基因優異的結果質量能夠助力該中心研究人員探索更多遺傳性眼科疾病的分子致病機理。