①感染：細菌性感染時NAP積分值增高。在細菌性感染中球菌性感染較桿菌性感染為高；在球菌性感染中，急性較慢性為高。病毒性感染時，NAP積分值一般無明顯變化。因此，本染色法有時可幫助鑒別細菌性感染和病毒性感染。
②血液病：慢性粒細胞白血病的NAP積分值明顯減低，常為“0”，緩解時NAP積分值上升到正常。類白血病反應時的NAP積分值明顯增高，中性桿狀核粒細胞的堿性磷酸酶活性增強，甚至中性晚幼粒細胞也呈陽性反應。因此本法常用來作為鑒別慢粒和類白血病反應及是觀察慢粒療效的指標之一；急性粒細胞白血病時NAP積分值減低，急性淋巴細胞白血病時NAP積分值一般增高，因此本法可作為鑒別急粒和急淋的方法之一；急性單核細胞白血病時NAP積分值一般減低，有時可正常；粒細胞白血病合并細菌性感染時NAP積分值可增高，但不如單純細菌性感染增高的明顯；再生障礙性貧血的NAP積分值增高，當病情好轉時，NAP積分值可下降，完全緩解時NAP活性可恢復到正常，因此本法對再障的診斷、療效觀察和估計病情均有一定意義；陣發性睡眠性血紅蛋白尿的NAP積分值減低，因此本法可作為鑒別陣發性睡眠性血紅蛋白尿和再生障礙性貧血的方法之一；紅細胞增多癥的NAP積分值升高，而繼發性紅細胞增多癥的NAP積分值無明顯變化，因此本法可用來鑒別真性紅細胞增多癥和繼發性紅細胞增多癥；骨髓增生異常綜合征的NAP積分值減低。
③其他：紅白血病的NAP積分值減低，慢性淋巴細胞白血病、骨髓纖維化、原發性血小板增多癥和紅血病等疾病的NAP積分值可增高；NAP積分值減低，也可見于鐮形細胞性貧血、嚴重嗜酸性粒細胞增多癥、家族性低磷酸酶血癥。