NGS鑒定耐藥基因跨種轉移,溯因院內感染暴發

　　1、暴發事件描述

　　在荷蘭南部的三級教學醫院內篩選產超廣譜β內酰胺酶 (ESBL) 菌株時，研究者首次注意到感染暴發。最先分離出一株產碳青霉烯酶、NDM-1基因陽性的肺炎克雷伯菌，鑒定確認時，感染患者已經出院；對長期住院病人進行ESBL菌株感染篩查，出現另外兩例陽性感染患者。連續篩查結果表明有2個病房內各出現1例感染患者，7個病房內各出現至少兩例感染患者。隨后研究者對所有暴發日期起入住過任何一間上述病房的2964例高危患者進行NDM-1基因篩查，鑒定出29例陽性患者后采取接觸隔離措施。

　　2、NGS檢測結果

　　研究者使用二代測序技術 (NGS) 分離鑒定250個產碳青霉烯酶腸桿菌 (CPE)，其中包含此次暴發事件的29例感染病例的42個NDM-1陽性樣本。結果表明大多數樣本包含肺炎克雷伯菌 (26株) 和大腸桿菌 (11株)，但5例樣本包含了腸桿菌科的其它種類。與5個散布分布的HCCs相同，分離的肺炎克雷伯菌的26株樣本序列型 (ST) 為ST873，研究者對ST873進行全基因組多位點序列分型 (wgMLST)，結果顯示各菌株都攜帶相同的質粒，耐藥基因組差異較小。而11株大腸桿菌序列性差異較大，耐藥基因組和質粒多樣性程度高，但都含有肺炎克雷伯菌中攜帶NDM-1基因的質粒。

　　3、NGS鑒定耐藥基因跨種轉移，溯因院內感染暴發

　　本研究描述了醫院內暴發產NDM-1的肺炎克雷伯菌感染，同一時間段內5個散布不相關聯的HCCs也出現同樣病例。未借助NGS技術時，不能明確NDM-1耐藥基因源頭。NGS技術結合wgMIST技術鑒定菌株類型，明確所有分離的肺炎克雷伯菌為相近序列型ST873，和同時分離的腸桿菌中都含有同樣耐藥基因NDM-1的質粒。研究揭示了含NDM-1耐藥基因質粒跨種從腸桿菌轉移至肺炎克雷伯菌，導致此次感染暴發。