NanoString、10xGenomics構建高分辨率空間分析儀,檢測數千個RNA

　　NanoString Technologies 和 10x Genomics 近日各自宣布了發布單細胞分辨率空間基因組學分析的計劃，該分析可以一次檢測數千個轉錄本。

　　這些公司在上周的基因組生物學和技術進展年會上分享了他們的計劃。

　　在一次會議演講中，NanoString 首席技術官 Joe Beechem 描述了公司計劃推出用于 CosMx 儀器平臺，以檢測 6000 個 RNA，高于 1000 個左右。該平臺定于 2024 年上半年推出，還將能夠在同一張載玻片上分析多達八種蛋白質。 單獨的僅蛋白質檢測將使檢測到的蛋白質數量從 64 種增加到 119 種，幾乎翻了一番。

　　“你不會錯過組織中發生的任何主要生物活動，”Beechem 說。“我們并不是要對標細胞分型儀，而是想建立一個了解所有生物學的成像儀。”

　　他說，6000-RNA panel 還解鎖了從全轉錄組技術（例如低分辨率空間方法或單細胞 RNA 測序）中估算數據的能力。

　　在公司贊助的研討會上，10x Genomics 的原位技術研發總監 Malte Kühnemund 分享了來自面板的概念驗證數據，該面板與可檢測 5000 種 RNA 的 Xenium 平臺一起使用。 目前，Xenium panel 可以分析數百種 RNA。 該公司已在七種不同人體組織類型（大腦、肺、皮膚、結腸、胰腺、肝臟和腎臟）的 700,000 個細胞中展示了新的 panel，包括福爾馬林固定、石蠟包埋的樣本。

　　10x 沒有提供有關高度多重分析將如何集成到未來產品中或何時可用的信息。

　　在給投資者的一份報告中，Cowen 分析師 Dan Brennan 稱擴展的空間基因表達分析“值得注意”。 NanoString 的聲明“可以說是……會議中最引人注目的消息，”他寫道。

　　NanoString 和 10x 的平臺擁有高分辨率 RNA 分析能力，可為包括靶向分析在內的研究發現提供更多用途。 此外，公司表示還可使用全轉錄組方法來發現基因表達模式。

　　本周早些時候，威爾康奈爾醫學院的克里斯梅森描述了他的實驗室使用 NanoString 的 CosMx 和 GeoMx 平臺創建人體組織空間圖譜的努力，他建議這可以實現配體-受體分析，以及核糖體和其他細胞器生物學的研究 和細胞骨架的轉變。

　　事實上，Beechem 展示的數據證明了使用 6000 重測定法在不同細胞類型中找到共表達配體的“熱點”的能力。

　　“為了用空間技術完全映射亞細胞功能和細胞相互作用，需要更大的吞吐量，特別是當我們發現和注釋稀有和動態細胞狀態時，”梅森告訴 GenomeWeb。 “GENCODE 注釋了超過 62,000 個基因，因此我們在 RNA 功能的完整細胞圖譜上才剛剛起步——達到 6,000[-plex] 讓我們前進了 600%。”

　　來自 10x 和 NanoString 的這些高復雜性分析甚至可能達不到高分辨率空間分析的上限。 例如，Beechem 的介紹暗示 NanoString 正在研究全轉錄組 CosMx 分析。